联合作战指挥体系是以战略指挥机构为核心、以联合战役指挥机构为枢纽、以联合任务部队及其他指挥机构为基础构成的有机整体。主要包括侦察预警、指挥与控制、火力支援、后勤保障等。随着我军体制改革的落实落地，我军联合作战指挥体系得到重塑，形成了“军委管总、战区主战、军种主建”的格局，军委管总”就是强化军委的集中统一领导和战略指挥、战略管理功能，“战区主战”就是突出各战役方向的指挥枢纽作用。当前，在联合作战背景下，国防动员作为支援保障打赢未来联合作战的实践活动，将联合理念贯彻到国防动员实践活动的组织指挥、结构模式、编组方式等方面，推进国防动员体系与联合作战体系深度融合，并紧紧围绕高效适配、即时聚优需要，立足从最复杂情况、最困难的条件出发，构建军地联合防御、联合保障、联合指挥等内容体系势在必行。
一是全面构建扁平化的组织指挥体系。目前，国防动员执行体系的主体是各级国防动员委员会、办公室及其办事机构。具有条块结合的特点。从上到下，形成了国家、省、地市和县四级国防动员委员会，以及相应的办公室作为“实体”。条状体系主要包括人民武装动员、国民经济动员、交通战备动员和人民防空动员体系。人民武装动员由各大战区、军兵种动员部门（包括领导小组及其办事机构）和省军区系统组成。国民经济动员体系设在国家发改委的国民经济动员办公室，其横向联系的有政府和军队的十多个部门。政府方面有国防科工委、商业部、卫生部、国家储备局等。纵向上是地方各级政府设立的国防动员经济动员办公室和有关部门，甚至直接面对企业事业单位。人民防空体系横向联系的政府部门主要有国家建设部等，纵向为战区人防办和省以下地方各级人防办公室，以及部分企业事业单位设立的人防办。交通战备动员执行体系的主管机构横向联系的政府部门主要有交通部、铁道部和民航总局等。这种组织指挥体系存在军地多点交叉、职责不明等各种问题，已经不能很好的适应联合作战，必须构建将人民武装动员、国民经济动员、交通战备动员和人民防空动员等相关职能统一纳入到国动办公室的架构下，减少层级、减少交叉，形成扁平化的组织指挥体系，以适应联合作战需要。同时，在指挥手段上，要整合现有动员指挥网络平台，并将其融入到联合作战指挥平台，实现联合作战指挥与国防动员指挥一体联合，数据共享。
二是打造网络化的动员结构。现代联合作战涉及陆、海、空、天、电、磁多维空间，联合作战发展的脚步不断证明：未来作战是全社会的战争，是一切人反对一切人战争。必须充分认清联合作战对军地多方资源、多方力量、多方优势的需求力，必须充分认清联合作战是军地多维一体联动、无缝衔接、高效协同的特性，才能从思想根源理解联合作战的“网络战”底层逻辑。因此，只有着力打造网络的动员结构模式，才能激发出战争潜力的真正实力和能量。特别是要结合现行国防动员管理条块分割、效率低下的实际，借鉴基层社会治理方式，构建“网格化”的动员管理模式，将国防动员体系融入到国家社会治理体系成为时代对国防动员的呼唤，也是未来联合作战对国防动员的呼唤。立足构建扁平化国防动员组织指挥体系，在整合保留国动办相关职能的基础上，下放行业统计调查等相关职能到相关职能部门或乡镇（街道），实现各行业、各领域的网格化管理。形成“从1到N”和“以点带面”的动员管理格局，达到社会网络有效聚能的效果。
三是形成模块化的编组保障。在联合作战背景下，国防动员具有动用兵力装备多，物资器材消耗大，综合保障矛盾突出等特点。构建平战一体、军民一体的多元化、模块化保障模式，统筹整合军地储备资源，深化军地储备互补，形成物资共保、设施共用、力量共融、信息共享的一体化综合保障体系，国防动员的模块化编组保障显得尤为重要。这种保障模式通过优化资源配置、提高响应速度和增强协同作战能力，为联合作战提供强有力的支持。模块化编组保障是指将国防动员资源按照特定的功能和任务需求，划分为若干个相对独立的模块，每个模块都具备独立作战和保障能力。这些模块可以根据作战需要灵活组合，形成多种作战体系，以满足不同战场环境和任务需求；可以通过预先规划和准备，将资源划分为多个独立模块，使得在紧急情况下可以快速响应，迅速投入作战；可以根据作战需求，灵活调整各模块的数量和配置，实现资源的优化配置，提高资源利用效率。总之，联合作战背景下国防动员的模块化编组保障是一种高效、灵活的保障模式。通过明确任务需求、划分模块、制定保障计划和加强训练演练等措施的实施，可以充分发挥模块化编组保障的优势，提高国防动员的响应速度和协同作战能力。
未来随着战争形态的不断演变和国防动员需求的不断增加，扁平化指挥、网络化动员、模块化编组保障将会成为推进国防动员体系与联合作战体系深度融合的理论指引，这种理论指引不仅需要通过信息化、数字化、智能化技术，融入集成到联合作战指挥系统，也必将成为联合作战与国防动员一体化建设的必由之路。